Merhaba,
Saldırının boyutuna göre korunma yöntemleri var. ancak gördügüm kadari ile server özellikleri düşük bu tür serverlarda saldıradan önce forum gibi cpu sömürecek yazilamlardan uzak durmalısınız. Korumaya gelince iptables konusunda yetenekli iseniz işinizi görür.