MySQLDump ile yedek alsaydınız.
O sorun benimde başıma gelmişti nedeni bazı tabloların açık olması nedeniyle yedeklerin bozulmasıydı.
En iyisi dosyaları olduğu yerlerine attıktan sonra MySQL'i bir üst sürüme upgrade yapmak. Upgrade anında tablolar yeni MySQL'e import edilirler ama garantisi...