Ben fedora kullanmıyorum hatırladıklarımı yazayım, ufak tefek hatalarım olabilir onun için önce yedek almayı unutma :)
Eski MySQL'i kaldırmak için kurulan paketin adını öğrenin(mysql, mysql-server vs)
yum list | grep mysql
Sonra bulduğun paketin adıyla paketi kaldırın.
yum remove mysql
Paket...