MySQL optimizasyonuna dair de araştırmalarınızı derinleştirirseniz daha verimli bir sunucu olacaktır. MySQL e root olarak bağlanıp;
mysql -u root -pSifreniz
SHOW VARIABLES;
çıkan değerleri kopyalayıp sunucunuzun konfigürasyonuna göre yapmak istediğiniz değişikliklere karar verebilirsiniz.
SET GLOBAL key_buffer_size=402653184;
gibi yeni değerleri atayabilirsiniz. Yukardaki değerler öneri değil örnektir. Araştırmalarınızda my.cnf üzerinden değişiklik yapmanıza yönelik önerilere de raslayabilirsiniz. Önce set ile denemenizi tavsiye ederim.
------------------
Arada kötü niyetli ve yoğun talepleri ayıklamak için yine bu forumlarda da önceden işlenen ddos scriptini kurmanız yerinde olur.
wget
http://www.inetbase.com/scripts/ddos/install.sh
./install.sh
----------
Sunucuun sakin olduğu zamanlarda apache ve mysql i durdurup çalıştırmanız da işe yarayabilir.
service httpd stop
service mysql stop
service msql start
service httpd start
10-30 saniye kadarlık bir kesinti olabilir belki yararına inanıyorum.