js dosyasını php olarak göstermek yerine php dosyasının "Content-type" bilgisinede oynayabilirsin. Ben bu şelilde kullanıyorum
header("Content-type: text/javascript; charset: UTF-8");
js'i hmtl olarak eklemek içinde
<script src="dosya.php" type="text/javascript" charset="utf-8"></script>