sorguyu ssh üzerinden yapmıyorsun gördüğüm kadarı ile.
çekip bastığın verilere str_replace uygularsan sorunun hallolur. iyinet in ddiği gibi
$sonveri = str_replace("\n","",$ilkveri);
$sonveri = str_replace("\r","",$sonveri);
bu şekilde sql içindeki satırları kaldır ve işlemi tamamla.