Öncelikle veritabanı için "migration" kavramını araştırmanı tavsiye ederim. Onun haricinde sürüm güncelleme demek sadece dosya ve klasörlerin silinip yenileriyle değiştirilmesi demektir. Tabiki burada silme işleminin dikkatli yapılması gerekir. Örneğin eskiden app/main.php diye bir dosyan vardı...