Merhaba,
Template dosyalarınızı websunucu ana klasöründeki .skel/0/httpdocs klasörü içerisine atarsanız yeni oluşturulan siteler için buradaki dosyaları kullanacaktır.
Ben Windows 2008 server kullanıyorum IIS inetpub klasörümdeki .skel klasörüde şöyle bir adreste...