Hocam öncelikle ben daha önce asp.net ile mysql birlikte kullanmadım.
Asp.Net ile MySQL birlikte kullanmak tabi ki mümkün; yalnız yapıcağınız uygulama local de veya LAN ağ da çalışıcak ise sorun olmaz.
Ancak internette yayınlanacak bir site hazırlıyorsanız Asp.Net ve MySql aynı serverda sunucuda sağlayan bir hosting firması bulabileceğin konusunda şüpheliyim.
Tabiki MySQL i farklı bir sunucudan okuturum derseniz, o zaman sayfalarınızın açılış hızlarının düşmesini göze almanız gerekir diye düşünüyorum.