bahsi geçenlerden sadece xoops cms sistemini kullan(yorum)dım.
xoops daki theme sistemi www/themes/tehemeadi/ klasöründeki theme.html dosyası dır ki bunu direk front page ile açıp editleyip canavar gibi kullanabilirsin.
fakat bildiğim kadarı ile phpnuke de bu olay içerisinde php kodları geçen sanırım tpl dosyaları ile yapılıyor.
dolayısıyla içerisinde php kodları geçen dosyayı editlemek için en mantıklı yol bir php editörüdür.