Cevap kullandığın uygulama, sistem, ve yazılıma göre değişir. iyinet.com için mi bahsediyorsun? MySQL 4.0.x ten 5'e değil 4.1.x 'e geçmeni öneririm. 5te VB forumlarda performans sorunları yaşandığına dair sayısız serzeniş duydum sohbet ortamlarında...
Edit: Bu arada sorun eğer geçiş aşaması ise yedek aldıktan sonra hiçbir problem yaşamazsın, sayısız kez denedim hiçbirinde problem yaşamadım