MySQL derken sanıyorum mysqli demek istiyorsunuz.
Yeni teknolojiye ayak uydurabilecek alt yapı PDO'da var. Detaylarını ve iki tarafında tam olarak neler yapabileceğini bilmeden yorum yapmanın yanlış olduğunu düşünüyorum.
MySQLi ve PDO'da MySQL bağlantısı sağlıyor zaten. O nedenle direk olarak MySQL demeniz yanlış ya da yanlış yazdınız.
PDO, mysqli nin yapabileceklerini çok güzel yaparken, buna ek olarak OO kodlamaya daha yatkın olması ile syntaxının değişmeden kütüphaneleri sayesinde mysql dışındada farklı veritabanlarına bağlanabilmesi ve içine gömülü ek sql injection koruması gibi bir çok özellikleri ile mysqli'yi çok geride bırakıyor.
Eğer yeni teknolojiye ayak uydurmak istiyorsanız, kesinlikle, tartışmasız PDO.