phpmyadminde deniyorsan benim kullandigim surumde export ederken herhangi bir secenek yok latin1 secmek icin (daha yeni versionlari bilemiyorum).
eger export bolumunde karakter seti secenegi cikmiyorsa zaten yoktur.
benim yazdigim ise SSH'de yani komut satirinda girecegin dump komutu, bu daha guvenli ve temiz yedekler alir. (ozellikle 10 mb ve ustu yedeklerde mutlaka bunun kullanilmasini oneririm)
Server sahibi sen isen, my.cnf dosyandan default-character-set=latin1 olarak ayarlamalisin. (bu degisiklikten sonra mysql'i yeniden baslatman gerekir)
Eger sunucu senin degilse, tek caren server sahibi ile gorusup senin icin SSH yetkisini actirmak. Oda olmazsa yine server sahibinden senini icin otomatik bir cronjob ayarlamasini isteyebilirsin, mesela yukardaki yazdigim sekilde her aksam otomatik yedek alir senin icin /home dizinine.