Yedek alırken eğer panel kullanıyorsanız, örneğin cPanel : cpanel içerisinde backup'tan generate full backup dedikten sonra, yedeğin tamamlanmasını bekleyip yine aynı linkten yedeği indirebilirsiniz. Böylelikle tüm sitenin kusursuz yedeği alınır. Yine backup içerisinde de full yedek almadan, sadece sql yedeğini de alma şansı tanır cPanel.
Eğer sql yedeğini phpmyadmin de alıyorsanız, Export seçeneğine gelip tüm tabloları "Select All" diyerek seçmelisiniz. Eğer veritabanı büyük ise, altta size sıkıştırmayı isteyip istemediğinizi de soracaktır. Dumplamamasının sebebi mysql versiyon farkı da olabilir.
Lütfen yapmak istediklerinizi detaylı olarak yazınız. Daha iyi yardımcı olabilirim ya da diğer arkadaşlar olabilirler.