Bununla ilgili bir sorun yok. Bende araştırdım ve nedenini buldum bu indeks düşüp çıkması ile ilgili. Resmi olarak google vermiş bunun cevabını.
http://www.google.com/support/forum/p/Webmasters/thread?tid=12785ecb88b7436d&hl=en
Bu linkten bakabilirsin. İngilizcen yoksa kısaca özetleyeyim. Sen sorgulama yaptığında google devamlı olarak farklı data merkezlerinden sorguluyor siteni. Nasıl Pagerank sorgularken bir çok farklı IP'den bakabiliyoruz bu şekilde sorgularken değişkenlik gösterebiliyor data merkezinin tuttuğu dataya göre. Yani senin atıyorum 1500 indeksin varken bir yerde 1500 indeks görünüyorsa bu A data merkezi tam olarak tutuyordur. Farklı zamanda bir kez daha sorguladığında100 görünüyor B data merkezinden sorguluyordur ve B data merkezi senin siteni tamamen indekslememiştir.
Bu yüzden sorgulama yaptığımızda değişkenlik gösteriyor indeksler.